Según la mitología griega, la isla fue nombrada así por el héroe Mykono, hijo de Apolo; por lo tanto es la isla de la luz, pues de aquel que tomó su nombre tiene vínculos familiares con el luminoso Apolo. Se dice también que en Mykonos el legendario Heracles (Hércules) mató a los gigantes, cuyos cuerpos petrificados formaron las rocas de la isla. En otra versión del mito, es el mismísimo Poseidón quien levanta las rocas que forman la isla, también en contra de los gigantes.
 

Es posible considerar a los lélegues y a los kares como sus primeros pobladores. Quizás luego le siguieron los egipcios, los fenicios, los krites y por último los jónicos, quienes llegaron a esta isla desde Atenas en el siglo IX a. C.. A partir de entonces el destino de Mykonos siguió, en líneas generales, el de todas las islas Cícladas. Al principio estuvo bajo el dominio ateniense quedando siempre en segundo lugar, desde luego, ya que el centro religioso durante muchos años era la cercana isla de Delos.

En la antigüedad había al menos dos ciudades en la isla en la época de Darío, así lo pone de manifiesto Skilakas. Una de ellas estaba cerca de la actual ciudad capital, dentro del mismo Kastro (Fuerte), donde se han encontrado huellas de la cultura cicládica prehistórica, y en Linó, se conservan las ruinas de dos torres y de porciones de muros que datan de la época clásica.
 

Los Mykonios, desde la antigüedad, debieron ser navegantes y agricultores que vivían dispersos en la isla como así lo es hoy también. En los tiempos históricos fueron adoradores de Poseidón y de Apolo, divinidades ambas que seguramente vinculaban con el medio natural de la isla; el sol y el mar. Al parecer también Dionisio recibía especiales honores, así como Dímitra (Démeter), la diosa protectora de la agricultura.

En el año 478 a. C. se funda la primera Alianza Ateniense, y Mykonos forma parte de ella. Sin embargo, debido a su baja contribución, se deduce que la isla no era especialmente buena. La declaración de Delos como puerto libre en el 166 a. C., significó cierto auge en la zona, lo cual benefició mucho a Mykonos. Pero en el 88 a. C. Delos es destruída por Miltríades y Mykonos entra en decadencia.
 

En la época del Imperio Bizantino, Mykonos pasa a formar parte de la provincia Aquea y en lo subsiguiente depende del resto de las islas. Después de la abolición de Constantinopla realizada por los cruzados francos en el año 1204, el gobierno sobre las Cícladas pasa a manos de los Venecianos en el año 1207, bajo la dirección de Marco Sanudo. Sin embargo, la administración y gobierno fue cedida a los Ghizi hasta la muerte de Georges III Ghizi en el año 1390, ahí es cuando se envía el primer gobernador veneciano a la isla.

En el año 1537 la isla es desbastada por el famoso pirata Barbarroja, y ese mismo año cae bajo el dominio Turco. A mediados del siglo XV, y aún bajo el dominio de los Turcos Otomanos, es gobernada por “capitanes” y “gobernadores”. En el año 1615, luego de la muerte del último capitán, el mismo pueblo de Mykonos en asamblea general en la iglesia del profeta Elías, fuera del fuerte, elige a dos de sus compañeros para que gobiernen durante un año. Así surgió y posteriormente se desarrolló según las necesidades y privilegios que obtuvieron de los Pacas, la “comunidad” de los Mykonios.

De acuerdo con esta comunidad, la isla era administrada por los comisionados que eran elegidos por votación general cada 10 de Marzo. La economía estaba basada en la producción de algodón y vino de excelente calidad, el cual se distribuía al ejército veneciano.

Desde los primeros años del siglo XVI hasta fines del siglo XVII, Mykonos se convierte en refugio y nido de piratas y de rebeldes. Los habitantes de la isla colaboraban con los piratas comprándoles los botines de sus piraterías a bajos precios y revendiéndolos luego en Constantinopla, en Italia o en Francia. Esta actividad comercial de los Mykonios trae como consecuencia una prosperidad a la isla.

En el año 1545 los venecianos vuelven al poder por un corto período. Lo mismo ocurre entre los años 1645 y 1669, y 1688 a 1699. Sin embargo la decadencia interna del imperio Otomano, la guerra entre Turquía y Venecia, las masacres y expulsiones sufridas por los griegos, traen como consecuencia una disminución de la población, de modo tal que desde 1633 hasta 1667 la isla queda casi totalmente despoblada y los pocos habitantes que quedaban son diezmados por una epidemia de cólera.
 

Desde el año 1770 hasta el 1774 la isla queda bajo el dominio Ruso. En el siglo XVIII se observa un nuevo período de auge económico. Mykonos constituye entonces un punto importante en la ruta de los barcos franceses que se dirigen a Esmirna y a Constantinopla. Adquiere su propia flota, la cual a principios de ese siglo posee 50 caiques y 80 barcas. En una población total de 3000 habitantes, 500 son marineros.

Así, también, construye su pequeño astillero y durante el conflicto anglo-franco y el bloqueo de puertos que le siguió, los Mykonios aprovisionan los puertos bloqueados con cereales. El desarrollo de la flota naviera se vincula asimismo con la creación de la industria de la lana y del algodón, por parte de las mujeres, y con la industria del pan y el molido de los cereales y granos, por parte de los hombres. De esta manera el período transcurrido entre los años 1750 a 1815 constituye para la isla una época de gran auge.

En la revolución de 1821, Mykonos toma parte activa en la lucha, ofreciéndole barcos al almirante Tombazis, y cuando los turcos toman represalia hacia la isla, los habitantes se agrupan bajo el liderazgo de la heroína local llamada Mandó Mavroguenis y se defienden con todo éxito.
 

En el siglo XIX el dominio de los barcos a vapor y la incapacidad de los habitantes de la isla para adaptarse a las nuevas circunstancias, conduce la economía de la isla al olvido. La consecuencia inmediata es la emigración de los Mykonios hacia zonas que prometían más suerte, hasta que en la década de 1950, los primeros turistas con destino a los espacios arqueológicos de Delos descubren la magia y el encanto de Mykonos. Entonces se inicia una época totalmente nueva en la historia de esta isla: el comercio del turismo.